تعكس رسالة جامعة المعارف هدفها الاستراتيجي المرتكز على ما يلي:

1. المساهمة في صناعة العلوم ونشر المعرفة والتطور التكنولوجي؛
2. تنشأة الفرد الإنساني والخلّاق والمبدع وصاحب القيم الأخلاقية العالية؛
3. المشاركة في بناء القدرات وتطور المجتمع والبلد؛
4. القيام بدور أساسي فعّال وبنّاء على المستويين الوطني والعالمي؛
5. الاهتمام يتقديم الاختصاصات المتنوعة المطابقة لأحدث الأنظمة الأكاديمية والنماذج التربوية والتقنيات التعليمية وذلك وفقًا لإطار متميز يجمع بين العلوم والأخلاق؛
6. الاستفادة من أعلى درجات الإنسانية والأخلاق الدينية؛
7.  الاعتبار أن العلم رسالة وفضيلة وواجب وهو متاح  لخدمة الإنسان، معتمدين بتقديم ذلك على فريقٍ رساليٍّ ومندفع وبارع.